明治23年2月（1890年）　鈴木卯兵衛を代表者として「有限責任横浜植木商会」を現在地に創業、日本人商社として初めて植物類の輸出入業務を行い、当社の前身となる。サンフランシスコ支店開設。

明治24年6月（1891年）　資本金5万円で「株式会社横浜植木商会」を設立。

明治26年10月（1893年）　商号を「横浜植木株式会社」に改称し会社登記を済ませる。シカゴで開催された米国コロンブス世界博覧会に盆栽と日本庭園を出品し好評を得る。

明治30年（1897年）　輸出用花菖蒲の栽培及び品質改良のため、神奈川県久良岐郡屏風ヶ浦村磯子に花菖蒲園を開設。

明治31年12月（1898年）　ニューヨーク事務所開設。

明治36年3月（1903年） 　海外の販路拡張に伴い、東京府荏原郡蒲田村に花菖蒲園を開設。

明治40年2月（1907年） ロンドン支店開設。初めて定価表を発行、草花種子を小袋で国内販売開始。

明治43年5月（1910年） 英国日英博覧会に盆栽、日本庭園を出品、名誉大賞を受賞。また英国王立園芸協会より銀製大盃2個を受賞。

明治45年（1912年） 東京市がワシントン市に桜を寄贈、当社が輸出業務を手がける。

大正2年4月（1913年）　東京市牛込区新小川町に東京売店を開設。

大正3年（1914年） チェルシーフラワーショーに出展、スタンダードカップ受賞。同ショーには大正2年（1913年）から昭和14年（1939年）まで毎年出展し、多数受賞。

大正4年（1915年）　北米サンフランシスコで開催されたパナマ太平洋万国博覧会に盆栽、日本庭園などを出品、名誉大賞1、名誉賞1、金牌6、銀牌5を受賞。

大正5年8月（1916年）　北海道小樽市に売店を開設。

大正14年11月（1925年） 農薬の需要増加に備え神奈川県都筑郡都田村川和に農薬製造工場を開設。

大正15年3月（1926年） 神奈川県鎌倉郡大正村汲沢に戸塚試作場を開設。

昭和6年12月（1931年） 大阪市北区に大阪噴霧機工場を開設。

昭和8年（1933年）　北海道札幌市に出張所開設。

昭和16年11月（1941年） 大阪噴霧機工場を戸塚試作場に移転。

昭和17年5月（1942年） 農林省の農業薬剤企業整備方針に従い全購連と提携して東亜農薬を設立、当社取締役（後、第4代社長）の鈴木孝一が社長に就任。川和工場を同社に譲渡。

昭和20年3月（1945年） 戸塚試作場、噴霧機工場を軍の斡旋により譲渡。機械類を本社に移転。敗戦により海外の支店及び出張所を閉鎖。

昭和40年2月（1965年）　現在の静岡県菊川市に菊川研究農場を開設。

昭和46年6月（1971年） 昭和46年度輸出貢献企業として通産大臣賞を受賞。

昭和49年（1974年） 当社初のF1品種「US交配鮮紅4寸」ニンジンが日本種苗協会品種審査会で一等特別賞を受賞。

昭和59年4月（1984年） 植物類の研究・開発を目的とするバイオ部門を設立。

昭和63年8月（1988年）　野菜種子研究開発体制の充実を図るため菊川市吉沢に第一分場を開設。

昭和63年（1988年） 玉レタス「しずか」が日本種苗協会品種審査会において農林水産大臣賞を受賞。

昭和63年（1988年） 赤肉メロン「クインシー」発表。現在でもご愛顧頂いているロングセラー品種。

平成3年1月（1991年）　 創立100周年記念祝賀会を開催。

平成8年（1996年）　日本初、細胞質雄性不稔を開発利用したダイコン「武将」を発表。日本種苗協会品種審査会において一等特別賞を受賞。

平成9年5月（1997年）　第10代社長に渡邊宣昭が就任。

平成15年（2003）　長ネギ「華青楼2号」が日本種苗会品種審査会において一等特別賞を受賞。

平成21年10月（2009年）　建設省都市局長賞（港の見える丘公園）を受賞。

平成21年12月（2009年）　横浜市より平成21年度土木部門優良工事請負業者として表彰。

平成22年（2010年）　世界で初めて種なしピーマン「タネなっぴー」を開発。平成28年（2016年）に販売開始。

平成22年11月（2010年）　シードセンター新築。

平成24年12月（2012年）　園芸部九州営業所　福岡県久留米市に開設。

平成25年2月（2013年）　本社造園部・北海道支店造園課、ISO9001品質・ISO14001環境認証取得。

平成25年5月（2013年）　第11代社長に有吉和夫が就任。

平成26年3月（2014年）　横浜型地域貢献企業最上位認定。

平成26年12月（2014年）　いでと公園拡張整備工事、横浜市優良工事監督者表彰。

平成30年1月（2018年）　北海道支店新社屋完成。

平成30年9月（2018年）　海外現地法人ウエキチリ設立。

平成31年3月（2019年）　南九州出張所を都城市に開設。

令和元年5月（2019年）　第12代社長に伊藤智司が就任。

令和元年（2019年）　今上天皇即位の際、大嘗祭でダイコン「武虎」を献上。

令和2年1月（2020年） 第46回園芸総合展示会をパシフィコ横浜で開催。

令和2年2月（2020年） 菊川基礎研究所新築。

令和2年（2020年） 雪ミクｘ花鉢＆ペチュニアのコラボアイテム 「雪ミクペチュ」発売。

令和2年（2020年） 販売されてから93年を迎える、ロングセラー殺蟻剤「アリメツ」のパッケージをフルリニューアル。

令和3年6月（2021年） 創立130周年。